中選會決議反空污公投案成案，但因為連署書偽造比例高，中選會也決定對反空污公投提出刑事告發。媒體報導，基層檢察官因此不滿，認為認定連署書是否有效本來就是中選會的職責，造假連署書要從何調查起、被告又是誰；質疑中選會政治動作大於維護法治的動作。
對此，法務部長蔡清祥3日在立法院司法法制委員會受訪時表示，中選會會把相關事證送給檢察單位，檢方是平常心、被動處理。蔡清祥說：『(原音)我們是被動的，因為中選會把相關事證送給檢察機關來查證相關事實。(記者：檢察官會覺得分到案，很…)我想我們是平常心依法處理。』
前總統陳水扁保外就醫中，但他日前接受日本媒體訪問和出席與政治相關的活動，外界質疑陳水扁踩司法紅線。蔡清祥表示，尊重台中監獄的專業判斷，一切事證正在收集中，將來也會開會討論；他說，法務部尊重執掌的台中監獄的綜合判斷。
另外，媒體報導，嘉義地檢署一名辦案經驗豐富的檢察官和地方勢力過從甚密，甚至疑似有婚外情。蔡清祥表示，這是法務部主動發掘、自清的結果，調查局和廉政署都有充分掌握，正要處理時這名檢察官就自動離職。
